一旦整體規劃已經明確，那么接下來的挑戰就是MES項目的實施與落地。MES項目的實施牽涉到三個大的環節：人、產品(軟件)和方法(行業解決方案)。三個環節環環相扣，只有其合力大化才能使得系統實施的效果優化。就“人”而言，眾所周知，ERP因其所處的戰略高度而被稱為“一把手”工程;相對而言，因MES的特殊性和重要性，MES的實施和落地更應該成為“層層一把手”工程。
MES涉及的業務和部門非常多，只有高層重視才能順利開展。MES起著承上啟下的橋梁作用，企業必須從上至下對MES項目給予高度重視，通過“層層一把手”將責任落實到位。除了企業決策層以及部門領導高度重視外，處于一線的員工也必須接受培訓，從而加強企業內部管理業務流程的優化以及標準化工作等。此外，企業所有人員的融合參與也很重要。
MES實施過程的一大誤區是把它看作IT部門的事。事實上，MES應用必須由業務部門唱主角、IT做支持。工藝、計劃、調度、管理及信息等各方人員的參與也很重要。對企業來說，MES實施過程中會涉及很多業務流程改造，從而導致系統實施的困難加大。面對諸多困難，需要企業領導及各業務部門在深入理解信息化建設內涵基礎上，由一把手親自主持、參與系統實施，動員企業全體員工共同參與。企業實施MES后必須將企業管理、考核與MES系統很好地結合起來，避免事前事后兩張皮的現象，這樣才有利于MES價值的大化。
企業選型MES時很容易陷入大而全、囫圇吞棗的誤區。企業用戶必須明確自身的管理需求，不要追求大而全，適合自身條件的系統就是好的。企業可以選擇自己需要的重要功能，降低企業實施MES的成本。
企業在上馬MES項目之前需要考慮以下關鍵點：制定企業信息化的總體規劃，在總體規劃框架下分步實施;確定MES與現存系統的關系，是否需要對現有系統進行改造;與ERP、SFC系統的接口、代碼、功能界面是否已清晰劃分;與未來ERP系統建設的先后順序，是集中建設還是分別建設;確定網絡、計算機等硬件、系統軟件的選型及技術方案;確定MES的實施方式，是購買、自建、還是外包;制定MES的實施進度計劃;制定包括項目成本與預算在內的總體投資概算計劃;制定人力資源計劃，包括企業關鍵技術人員及軟件實施人員安排等;MES實施后產生的效果與效益分析;制定對項目風險的預防和控制策略;確定項目的推進機制與培訓制度。
在智能制造風起云涌的大背景下，企業進行MES信息化建設，必須走“整體規劃+專業化軟件+行業解決方案”的道路。由于企業對生產過程和生產現場進行動態控制的復雜性，在MES應用過程中應注意的問題或細節，主要集中在以下幾個方面：
第一，引入先進的管理思想和理念。提高企業的管理和決策水平，通過運用信息技術，實現物流、資金流、信息流的“三流”合一，提升企業盈利能力，實現經濟效益的大化。通過建立科學的管理模式來規范企業的決策制度，改善企業的管理基礎，制定“集中決策、分權經營、資源優化、有效監控”的管理方針。通過流程變革、職能調整和配套IT手段來盡可能地打破部門之間的隔閡，消除企業內部存在的推諉扯皮、管理真空現象，提高管理協調的效率和效益。
其次，企業MES建設是一項管理改造工程，而不僅僅是一個以技術為主導的項目。企業信息化應用是對企業業務模式的重塑。因此，信息化建設是增強企業競爭力的客觀需要，是企業參與國際競爭的重要條件，實施MES的目的是，用信息技術提升企業核心競爭力和支持企業持續發展。
第三，實施MES要堅持“整體規劃、效益優先、分步實施、重點突破”的原則。要借用先進的計算機技術、網絡技術、通信技術、企業建模及優化技術進行實施，保障系統的開放性和可擴展性。
最后，要考慮與企業已有管理系統的通信、集成問題，避免出現更大或更多的“信息孤島”。提高企業的信息共享程度，為戰略、管理、業務運作提供支持，提高企業生產對市場需求的響應速度。
